Grundsätzlich begünstigen zwei Faktoren solche Algenblüten: eine hohe Nährstoffkonzentration im Wasser und lang anhaltend hohe Temperaturen. Die aktuelle Algenblüte ist damit vor allem eine Folge der warmen Sommermonate. Hohe Temperaturen kurbeln den Stoffwechsel von Bakterien und Mikroben an, Zersetzungsprozesse werden beschleunigt. Zersetzt wird frisches organisches Material, das sich im Winter und Frühjahr am Seegrund ansammelt, insbesondere Algen und Pflanzenreste. Dabei kommt es zur Freisetzung besonders vieler Nährstoffe, darunter auch Phosphor und Stickstoff, zwei der wichtigsten für das Wachstum von Pflanzen – und somit auch von Algen.
Hohe Temperaturen führen zudem zu einer stabilen Schichtung von tieferen Seen. Nährstoffe, die aus dem Sediment eines Sees freigesetzt werden, gelangen nicht mehr in die obere Wasserschicht und reichern sich stattdessen in der Tiefe an. Parallel führen intensive Zersetzungsprozesse am Seegrund zu einem höheren Sauerstoffverbrauch. Da die Schichtung verhindert, dass Sauerstoff von der oberen in die untere Wasserschicht gelangt, entsteht ein Mangel. Dieser Sauerstoffmangel begünstigt die sogenannte Selbstdüngung von Seen, bei der an Eisen gebundene Phosphate aus dem Sediment wieder ins Wasser gelangen und die Phosphorkonzentration zusätzlich erhöhen.
Diese Mechanismen betreffen vor allem nährstoffreiche Seen, wo es viel zu zersetzen gibt und viele Nährstoffe im Sediment gespeichert sind. Der Müggelsee ist einer von ihnen. Die ersten kühleren Septembertage, zusammen mit einer frischen Brise, haben seine Schichtung aufgelöst. Die Wassersäule wurde durchmischt und so standen die angesammelten Nährstoffe den Algen zur Verfügung. Die erneut hohen Temperaturen der letzten Tage haben das Algenwachstum dann regelrecht explodieren lassen. Zu den Gewinnern gehören auch Cyanobakterien, umgangssprachlich Blaualgen genannt. Sie haben kaum Fraßfeinde, sinken nicht ab und kommen mit relativ wenig Licht aus. Auch können einige Cyanobakterien Stickstoff aus der Luft fixieren und sich dadurch massenhaft ausbreiten. Problematisch ist das vor allem für Badende, Tiere und die Wasseraufbereitung, denn manche Cyanobakterienarten können Toxine produzieren.