© David Ausserhofer/IGB
Das CTP "Molekulare Genetik und Genomik" steht Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern des IGB zur Verfügung und arbeitet auch mit externen Einrichtungen und Interessenten zusammen. Es bietet Labore, Geräte und Fachwissen für verschiedene molekulare und genomische Analysen an allen IGB-Standorten. Grundlegende Methoden wie DNA-Extraktion, PCR und Reinigung sind überall nutzbar.
Zu den angewandten Techniken gehören unter anderem:
- Metabarcoding und Amplikon-Sequenzierung
- Sequenzierung mit reduzierter Repräsentation
- Transkriptomik und RNA-seq
- Mitochondriale und Gesamtgenom-Sequenzierung
- Resequenzierung und Pool-seq
- Shotgun-Metagenomik
- Funktionelle Genomik
- Gentechnische Methoden für Prokaryoten und Eukaryoten
- Physiologische und metabolische Analysen
Bioinformatische Analysen können an allen Standorten auf eigenen Servern durchgeführt werden. Für umfangreiche Berechnungen stehen spezialisierte Rechenkapazitäten auf einem HPC-Cluster über BeGenDiv zur Verfügung.
Ausstattung an den Standorten
Alle Standorte
✔ DNA/RNA-Extraktion, Elektrophorese, Größenauswahl
✔ PCR und qPCR, Reinigung von PCR-Produkten, Vorbereitung von Bibliotheken für NGS
✔ Nanopore (ONT)-Sequenzierung
✔ Bioinformatik-Server und Zugang zum HPC-Cluster
Berlin-Friedrichshagen
✔ Gelelektrophorese und Reinigung
✔ S1-Labor für Klonierung und Miniprep
✔ Primärzellkulturen (Fische, Frösche)
✔ Biochemische Analysen (Kohlenhydrate, Fette und Fettsäuren)
✔ Kapillarsequenzierer (Beckman Coulter) für Fragmentanalysen
Berlin-Dahlem
✔ eDNA-Extraktion und Probenvorbereitung
✔ Next-Generation-Sequenzierung (Illumina)
✔ Automatisierte Pipettiersysteme (Biomek i7 Hybrid)
Stechlin
✔ Gelelektrophorese und Reinigung
✔ DNA/RNA-Extraktion und -Reinigung für Metagenomik
✔ Durchflusszytometrie und Zellsortierung (BD FACS ARIAS II)
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